Риски при принятии к вычету сумм входного НДС

Организация, оптовый поставщик, реализовала на территории РФ крупную партию запчастей. Реализованные запчасти Организацией были импортированы из за рубежа, при этом ввезены разными партиями, на каждую из которых была оформлена отдельная ГТД. В каком порядке Организация поставщик при реализации запчастей должна заполнить графу 11 счет-фактуры (№ таможенной декларации), при условии, что реализуемые запчасти ввезены на территорию РФ по разным ГТД? Не возникнет ли у покупателя риски при принятии к вычету сумм входного НДС в рассматриваемой ситуации?