Организация может представить документы в суд, даже если не сделала этого при налоговой проверке

Это право не зависит от того, истребовали ли их налоговики. Суд обязан исследовать такие документы. АС Московского округа напомнил о данном подходе Конституционного суда.
Отметим, из позиции ВАС РФ следует, что суд сам решает, принимать документы, которые не представляли при проверке, или отказать в этом. Хотя суды часто принимали такие доказательства права на вычет, может встретиться и противоположный подход. Следовательно, надежнее представить все доказательства заранее.