Минфин пояснил, какие налоги казенное учреждение должно уплатить при реализации имущества

Это касается и доходов от реализации имущества.

В отношении НДС ситуация иная. Реализация имущества, находящегося в оперативном управлении казенных учреждений, не включена в перечни операций, освобождаемых от налога или не признаваемых объектом налогообложения. Поэтому НДС нужно начислить и уплатить в общем порядке.

Читайте в КонсультантПлюс:

Вопрос: Об учете казенными учреждениями доходов в целях налога на прибыль и об НДС при реализации имущества, находящегося в их оперативном управлении. (Письмо Минфина России от 06.07.2020 N 03-03-06/3/58012) {КонсультантПлюс}