Заказчика обяжут возместить неподтвержденную часть цены контракта

Если в контракте нет обоснования цены контракта, нет документального подтверждения затрат (при расчете цены затратным методом), заказчика в результате проверки обяжут возместить в бюджет необоснованную часть цены.
Важно, что представление дополнительных материалов в суде может и не помочь. Например, если руководитель заказчика подписал справку об отсутствии других документов, кроме представленных контролерам.

Подробнее в КонсультантПлюс: Определение Верховного Суда РФ от 24.04.2019 N 308-ЭС19-5135 по делу N А32-15109/2017 {КонсультантПлюс}