Если работник работает в нескольких обособках

Если работник в течение месяца работает в нескольких обособленных подразделениях, НДФЛ с его доходов перечисляется в соответствующие бюджеты по месту нахождения каждого обособленного подразделения. При этом учитывается его фактически отработанное время на основании табеля учета рабочего времени, с учетом данных справок о местонахождении работника за соответствующий расчетный период. 

При этом, не имеет значения, в каком из обособленных подразделений такой работник работает на дату выплаты дохода.

Таким образом, организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.

Полный текст документа в КонсультантПлюс:

Статья: Как уплатить НДФЛ работников ОП (Чимидова Е.В.) («Нормативные акты для бухгалтера», 2018, № 17) {КонсультантПлюс}