На одном ОКТМО находится несколько подразделений

Расчет по форме 6-НДФЛ заполняется по каждому ОКТМО отдельно.

При заполнении титульного листа организация в соответствующем поле также указывает код причины ее постановки на налоговый учет (КПП) по месту нахождения обособленного подразделения.

Организация, являющаяся налоговым агентом, имеющая несколько обособленных подразделений в рамках одного муниципального образования, обязана оформлять расчет по форме 6-НДФЛ по каждому обособленному подразделению с указанием соответствующих КПП и ОКТМО и, соответственно, представлять его в налоговый орган по месту нахождения этих обособленных подразделений.

Консультация эксперта, УФНС России по Новосибирской обл., 2016 {КонсультантПлюс}